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Author: shenwei356

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   title: "mBio.info – 微生物 生物信息学<br/>沈伟课题组 @ 重庆医科大学"
-  content: "沈伟，博士，副研究员，硕士生导师（生物信息专业），在<a href=\"https://www.cqmu.edu.cn/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">重庆医科大学</a> <a href=\"https://www.cqsahcqmu.cn/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">附属第二医院</a> <a href=\"https://infect-hepatol-cqmu.cqcyfey.cn/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">病毒性肝炎研究所</a>工作。2010年本科毕业于重庆邮电大学生物信息学专业，2013年在第三军医大学获得生物信息学专业硕士学位（导师：李彦）, 2017年在第三军医大学获得微生物学博士学位（导师：胡福泉）。博士毕业后在西部战区总医院检验科工作，随后于2022年在重庆医科大学附属第二医院病毒性肝炎研究所从事博士后研究工作（合作导师：<a href=\"https://infect-hepatol-cqmu.cqcyfey.cn/index/artic/articContent?articid=89\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">任红</a>）。2023年10月至2024年9月受留学基金委资助，在欧洲生物信息学研究所（EBI）的<a href=\"https://scholar.google.com/citations?user=GrvA1YwAAAAJ&hl=en\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Zamin Iqbal</a>课题组合作访问。<br/><br/>沈伟的研究工作聚焦于微生物基因组、宏基因组相关生物信息学算法与软件开发, 例如超大规模原核微生物基因组序列比对 (<a href=\"https://bioinf.shenwei.me/LexicMap/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">LexicMap</a>), 宏基因组物种组成分析与临床病原生物检测 (<a href=\"https://bioinf.shenwei.me/kmcp/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">KMCP</a>), 分类学数据查询与处理(<a href=\"https://bioinf.shenwei.me/taxonkit\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">TaxonKit</a>), FASTA/Q文件处理的瑞士军刀 (<a href=\"https://bioinf.shenwei.me/seqkit\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">SeqKit</a>)。<br/><br/>目前，我们在重庆医科大学招收学术学位生物信息学专业（0710Z1）硕士研究生（[详情](/cn/join)）。 请联系： [email protected]"
+  content: "沈伟，理学博士，副研究员，硕士生导师（生物信息专业），在<a href=\"https://www.cqmu.edu.cn/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">重庆医科大学</a> <a href=\"https://www.cqsahcqmu.cn/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">附属第二医院</a> <a href=\"https://infect-hepatol-cqmu.cqcyfey.cn/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">病毒性肝炎研究所</a>工作。2010年本科毕业于重庆邮电大学生物信息学专业，2013年在第三军医大学获得生物信息学专业硕士学位（导师：李彦）, 2017年在第三军医大学获得微生物学博士学位（导师：胡福泉）。博士毕业后在西部战区总医院检验科工作，随后于2022年在重庆医科大学附属第二医院病毒性肝炎研究所从事博士后研究工作（合作导师：<a href=\"https://infect-hepatol-cqmu.cqcyfey.cn/index/artic/articContent?articid=89\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">任红</a>）。2023年10月至2024年9月受留学基金委（CSC）和欧洲分子生物学实验室（EMBL）资助，在欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）的<a href=\"https://scholar.google.com/citations?user=GrvA1YwAAAAJ&hl=en\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Zamin Iqbal</a>课题组合作访问。<br/><br/>沈伟的研究工作聚焦于微生物基因组、宏基因组相关生物信息学算法与软件开发, 例如超大规模原核微生物基因组序列比对 (<a href=\"https://bioinf.shenwei.me/LexicMap/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">LexicMap</a>), 宏基因组物种组成分析与临床病原生物检测 (<a href=\"https://bioinf.shenwei.me/kmcp/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">KMCP</a>), 分类学数据查询与处理(<a href=\"https://bioinf.shenwei.me/taxonkit\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">TaxonKit</a>), FASTA/Q文件处理的瑞士军刀 (<a href=\"https://bioinf.shenwei.me/seqkit\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">SeqKit</a>)。<br/><br/>目前，我们在重庆医科大学招收学术学位生物信息学专业（0710Z1）硕士研究生（[详情](/cn/join)）。 请联系： [email protected]"
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 #### 课题组负责人
 
-沈伟，理学博士，副研究员（2022年12月），学术学位硕士研究生导师（生物信息学 0710Z1），重庆生物信息学会常务理事，在重庆医科大学附属第二医院 感染与肝病研究院（原病毒性肝炎研究所）工作。
+沈伟, 理学博士, 副研究员（2022年12月）, 学术学位硕士研究生导师（生物信息学 0710Z1）, 重庆生物信息学会常务理事, 在重庆医科大学附属第二医院 感染与肝病研究院（原病毒性肝炎研究所）工作。
 
-沈伟长期从事**微生物基因组、宏基因组相关生物信息学算法设计与软件开发**；主持国家自然科学基金面上项目1项、青年项目1项，重庆市自然科学基金面上项目1项，中国博士后科学基金面上项目二等资助1项。作为第一作者或通讯作者在**Nature Biotechnology、iMeta、Bioinformatics等期刊发表SCI论著9篇，其中2篇影响因子大于30，2篇为ESI 1%高被引论文，单篇最高引用2700余次**。同时为社区贡献多个生物信息学软件，受到同行一致好评。
+沈伟长期从事**微生物基因组、宏基因组相关生物信息学算法设计与软件开发**；主持国家自然科学基金面上项目1项、青年项目1项, 重庆市自然科学基金面上项目1项, 中国博士后科学基金面上项目二等资助1项。作为第一作者和/或通讯作者在**Nature Biotechnology、iMeta、Bioinformatics等期刊发表SCI论著9篇, 其中2篇影响因子大于30, 2篇为ESI 1%高被引论文, 单篇最高引用2700余次**。同时为社区贡献多个生物信息学软件, 受到同行一致好评。
 
 - 实验室网站：[https://mbio.info](https://mbio.info)
 - 个人主页：[http://shenwei.me](http://shenwei.me)
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 #### 近五年主持或参加的其他科研项目/课题(国家自然科学基金项目除外):
 
-- 重庆市自然科学基金, 面上项目, 基于泛基因组图的微生物宏基因组株水平组成解析方法研究, 2025-06至2028-05, 10万元，在研，主持
-- 重庆医科大学附属第二医院, 登峰学科群联合项目，无，高通量单病毒测序平台的开发及其在未知原因感染疾病诊断中的应用, 2024-10至2027-09，200万元，在研，共同主持
+- 重庆市自然科学基金, 面上项目, CSTB2025NSCQ-GPX0374, 基于泛基因组图的微生物宏基因组株水平组成解析方法研究, 2025-06 至 2028-05, 10万元, 在研, 主持
+- 重庆医科大学附属第二医院, 登峰学科群联合项目, 无, 高通量单病毒测序平台的开发及其在未知原因感染疾病诊断中的应用, 2024-10 至 2027-09, 200万元, 在研, 共同主持
 - 中国博士后科学基金, 面上资助, 2021M700640, 基于长读段测序的宏基因组物种组成分析算法研究及应用, 2022-01 至 2023-02, 8万元, 结题, 主持
 
 #### 获奖情况

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 #### 研究生
 
-1. （重庆医科大学）生物信息学专业（0710Z1）硕士研究生（全日制，学术学位），院系代码 003（第二临床学院），名额：1个。
-   - 官方网站：[重庆医科大学研究生招生网](https://yjszs.cqmu.edu.cn/)，
-   [本人的导师信息页面](https://gs.cqmu.edu.cn/Gmis/dsfc/dsfcgrxx/107AAA2E3CACAF7FB9B82831D07B50FF)
-   （亦可在[学校导师列表页面](https://gs.cqmu.edu.cn/Gmis/dsfc/dsfc_yx)按专业搜索），
-   [第二临床学院研究生招生](https://www.sahcqmu.com/index.php?c=category&id=64)
-   - 招生/调剂要求：
-      - **生物信息学专业**， 或有较强的生物信息学软件开发/数据分析的经验
-      - **有编程经验**（非简单调用现有软件），会使用一门编程语言（如Python, C/C++/Go/Rust）解决问题（需提供证明，如GitHub链接或项目代码）
-      - **较强英语水平**，如通过英语CET6
-      - **有主动、积极的学习态度**
-   - 2025年调剂（本人1个名额，已招)：
-      - 学校要求调剂考生报考的专业代码需以07开头（以[重庆医科大学研究生招生网](https://yjszs.cqmu.edu.cn/)为准）。
-      - 课题组隶属于第二临床学院（附属第二医院），学院统一组织安排复试。
-      - 复试形式：**无笔试，仅面试**(线下)（[官方详情](https://www.sahcqmu.com/index.php）?c=show&id=20532)）
-         - 面试分3部分：(1)专业基础30分，随机抽3道题；(2)英语与综合素质各20分，英语自我介绍+1道英语问答+2道综合素质测试；(3)科研素质测试30分，随机抽2道。
-         - 总成绩=初试成绩/5×0.6+复试成绩×0.4。
-   - 欢迎发邮件联系（**附上简历**）：[email protected]
+- 学校官方网站：[重庆医科大学研究生招生网](https://yjszs.cqmu.edu.cn/)，
+[本人的导师信息页面](https://gs.cqmu.edu.cn/Gmis/dsfc/dsfcgrxx/107AAA2E3CACAF7FB9B82831D07B50FF)
+（亦可在[学校导师列表页面](https://gs.cqmu.edu.cn/Gmis/dsfc/dsfc_yx)按专业搜索），
+[第二临床学院研究生招生](https://www.sahcqmu.com/index.php?c=category&id=64)。
+- 联系方式：[email protected]（请附上简历）
+
+##### 硕士研究生
+
+重庆医科大学，生物信息学专业（0710Z1）硕士研究生（全日制，学术学位），院系代码 003（第二临床学院），名额：1个。
+
+- 招生/调剂要求：
+  - **生物信息学专业**， 或有较强的生物信息学软件开发/数据分析的经验
+  - **有编程经验**（非简单调用现有软件），会使用一门编程语言（如Python, C/C++/Go/Rust）解决问题（需提供证明，如GitHub链接或项目代码）
+  - **较强英语水平**，如通过英语CET6
+  - **有主动、积极的学习态度**
+- 2025年调剂（本人1个名额，已招)：
+  - 学校要求调剂考生报考的专业代码需以07开头（以[重庆医科大学研究生招生网](https://yjszs.cqmu.edu.cn/)为准）。
+  - 课题组隶属于第二临床学院（附属第二医院），学院统一组织安排复试。
+  - 复试形式：**无笔试，仅面试**(线下)（[官方详情](https://www.sahcqmu.com/index.php）?c=show&id=20532)）
+      - 面试分3部分：(1)专业基础30分，随机抽3道题；(2)英语与综合素质各20分，英语自我介绍+1道英语问答+2道综合素质测试；(3)科研素质测试30分，随机抽2道。
+      - 总成绩=初试成绩/5×0.6+复试成绩×0.4。
+
+
+(更新时间: 2025-09-xx)

content/cn/pages/software.md

@@ -12,7 +12,7 @@ draft: false
 
 软件：
 
-- **[LexicMap](https://github.com/shenwei356/LexicMap)**, 快速、可扩展的超大规模原核生物基因组序列比对
+- **[LexicMap](https://github.com/shenwei356/LexicMap)**, 快速、低内存、具有高扩展性的百万规模原核生物基因组序列比对
 - **[KMCP](https://github.com/shenwei356/kmcp)**, 宏基因组物种组成分析，同时也是大规模序列/基因组索引与搜索软件
 - **[SeqKit](https://github.com/shenwei356/seqkit)**, FASTA/Q数据操作的瑞士军刀（功能非常多）
 - **[TaxonKit](https://github.com/shenwei356/taxonkit)**, NCBI分类学数据各种操作，也能从任意分类学数据创建